L'inscription à l’Institut est ouverte aux bacheliers ayant satisfait aux critères de l’orientation vers les formations préparatoires aux études d’ingénieur. Seuls les étudiants orientés par la direction générale des affaires estudiantines du Ministère de l’Enseignement Supérieur ou par l'université de Tunis El Manar sont autorisés à s’inscrire pour la première fois à l’institut.
L’admission à l’IPEI El Manar se fait selon l’ordre de mérite au baccalauréat et les places offertes s’épuisent dès le premier tour. Le baccalauréat scientifique donne accès aux filières MP ou PC, et le baccalauréat technique à la filière technologie